El método utilizado para la detección de los virus fue la ultrafiltración, un proceso en donde el agua atraviesa una membrana de filtración muy pequeña. Un filtro usado en microbiología es normalmente de 0,8 micras, el cual clarifica las sustancias a filtrar. Los siguientes son de 0,45 micras, que quitan bacterias. Los de 0,2 micras son filtros “esterilizantes”, pero tampoco garantizan que el líquido quede libre de microorganismos pues lo virus son diminutos y los filtros normales no sirven para separarlos. Por eso se usan ultrafiltros que trabajan en la gama de los nanómetros.
Para detectar los virus, que normalmente están muy diluidos, deben concentrarse grandes cantidades de agua. Además, se pueden presentar varios inconvenientes: primero, que en el agua tomada inicialmente para la concentración no haya partículas virales, lo que no significa que no las haya en el resto del agua; segundo, que la técnica para detectarlas no las capture. Por esta razón, un resultado negativo, incluso en una muestra grande de agua, no es el todo confiable. Un resultado positivo muestra la existencia del virus, pero, como se dijo antes, no establece su capacidad infecciosa. Todos estos factores hacen que la detección de los virus sea muy costosa y que a las empresas distribuidoras del líquido les resulte difícil hacerla. Además, como la legislación no dice nada respecto a virus, se trata más de un asunto ético que de un problema legal.